Университет был основан как «Вечерний институт для молодых людей» в 1898 году. Институт был создан для удовлетворения быстро растущего из-за иммиграции населения Бостона. Через несколько лет после основания здесь уже предоставлялось образование в сферах права, конструирования и финансов. В 1909 году это учебное заведение начало проводить занятия днём, а в 1913 году переехало в новое здание на Хантингтон-авеню. В 1916 году заведение было преобразовано в колледж, а в 1922 году оно было переименовано в «Северо-восточный университет бостонской молодёжной христианской ассоциации». В период бурного роста университетского городка было выкуплено место, на котором впоследствии был размещён стадион для бейсбола. Это было сделано в 1929 году, но строительство в те годы начато не было из-за финансовых трудностей университета, связанных с Великой депрессией.

В 1935 году к университету был присоединён Колледж свободных искусств и название было упрощено до наименования «Северо-восточный университет».

После второй мировой войны в университете стали давать образование женщинам.